《工程總承包管理辦法》延續了部分標準招標文件和規范性文件的規定，對于項目前期咨詢單位參與總承包投標進行了限制。其中，關于工程總承包單位不得是“工程總承包項目的代建單位、項目管理單位、監理單位、造價咨詢單位、招標代理單位”的規定，由于這些單位與發包人存在委托關系，就不應該再與發包人建立“發承包”法律關系，避免造成項目管理方與承包方“混同”的不法情形，故該部分規定具有合理性。
但是《工程總承包管理辦法》同時規定，“政府投資項目的項目建議書、可行性研究報告、初步設計文件編制單位及其評估單位，一般不得成為該項目的工程總承包單位。政府投資項目招標人公開已經完成的項目建議書、可行性研究報告、初步設計文件的，上述單位可以參與該工程總承包項目的投標，經依法評標、定標，成為工程總承包單位”。該部分規定顯然不具備合理性。
其一，項目建議書、可行性研究報告、初步設計文件的內容本身就有延續性，是不斷深化的工作階段。而初步設計階段完成是《工程總承包管理辦法》明確的總承包采購前提，即初設成果必然是招標文件的組成部分，與“發包人要求”文件共同構成投標人深化設計和投標報價的基礎，因此《工程總承包管理辦法》所規定的限制情形在工程實踐中并不普遍存在。
其二，《工程總承包管理辦法》將限制范圍確定為“政府投資項目”并不符合招投標制度的立法旨趣。限制前期咨詢單位參與投標，概因其掌握了較其他潛在投標人更多的項目信息，因此有悖于招投標的“公開”原則，其參與投標會影響中標結果的“公正性”。但是依據《工程總承包管理辦法》的規定，只有“政府投資項目”禁止上述單位投標，而對于企業投資項目則在所不論。這就意味著將區別對待政府投資和企業投資項目潛在投標人獲取項目信息的范圍，并不符合“公開原則”。
其三，隨著我國深入推進“全過程工程咨詢”模式，將有越來越多行業內的優質企業進行資質融合，一個咨詢企業將同時具有招標代理、投資咨詢、造價、監理、勘察、設計等從業資格。如果僅僅因為該企業參與了合同金額較小的部分前期工作，就喪失了后續參與工程總承包投標的資格，將嚴重影響高水平全過程工程咨詢單位參與項目前期工作的熱情。